Как коэффициент (скидку) применить к продаже невыделенной доли в квартире.

Тем, что она не выделена. И скорее всего никогда не выделится.

Тут наверно вопрос топикстартера больше о том, какова величина этой скидки. Я бы попытался из соответствующего рынка эту скидку вытащить. Знаю, что такие данные есть в разных справочниках, но как по мне - по рынку будет точнее. Предложения по продаже долей в квартирах на рынке ведь встречаются.